O Caderno de Pesquisa NEPP, de caráter multidisciplinar, escrito por pesquisadores, professores, estudantes de pós-graduação, membros associados e convidados, tem periodicidade semestral. Publica artigos inéditos, relatórios de pesquisa, pesquisas em andamento, entrevistas e resenhas relacionados com as múltiplas dimensões da política pública.

Entre 1987 e 2010, publicaram-se 83 números. Desde o número 84, o Caderno de Pesquisa NEPP foi remodelado e passa a ser publicado em versão eletrônica.